上世纪80年代，园艺系利用世行贷款购买了气相色谱仪、高速冷冻离心机、荧光生物显微镜等大型仪器设备，为了加强管理、提高仪器使用效率，园艺系整合各教研室的资源建立了集中管理大型仪器的制度和机制。
1995年园艺系正式组建了园艺基础实验室，即实验中心的前身，除对大型仪器进行集中管理和维护外，还对一些使用频率高的中小型通用仪器设备进行专管共用，并获得学校“合格实验室”的荣誉称号。
1999年，由实验室主任负责统筹分配实验教学经费，打破原有平均分配的方法，进一步优化了实验教学资源的配置。
2001年学院为了加强实验室队伍建设，先后调入具有硕士学位和博士学位的人员主管实验室工作，并正式成立了实验中心，是在学校成立较早的实验中心之一。实验中心整合园艺学专业实验教学资源，构建了一个公共实验平台，负责园艺专业课的实验教学工作。
2007年园艺学专业实验教学中心获批校级实验教学中心，2014年园艺学专业实验教学中心的重要组成部分——南亚热带果树教学实验平台获得中央财政支持地方高校发展专项资金“面上项目”资助，2020年7月园艺学实验教学中心获批校级实验教学中心，2020年12月，园艺学实验教学中心获批省级实验教学中心。经过20多年的发展，园艺学实验教学中心已发展成为面向社会开放的实验教学中心。
